1715 in Auftrag gegeben, wurde es 1740 fertig gestellt und sollte als ländlicher Rückzugsort für Kurfürst Joseph Clemens dienen. Daher erhielt es den Beinamen „Clemensruhe“. Zwischen dem einstigen kurfürstlichen Apartment im kurfürstlichen Schloss und dem Poppelsdorfer Schloss verläuft eine Sichtachse, verbunden sind die beiden Gebäude durch die Poppelsdorfer Allee.

An dem Ort, wo heute das Schloss steht, befand sich schon im 12. Jahrhundert ein Gutshof. Erzbischof Walram von Jülich kaufte ihn im 14. Jahrhundert und ließ ihn zu einer Burg umbauen. Diese wurde während der Truchsessischen Kriegs von (1583-1588) zerstört und verkam zusehends zur Ruine.

Heute sind im Poppelsdorfer Schloss die mineralogische Sammlung der Universität Bonn sowie naturwissenschaftliche Einrichtungen wie Teile des Steinmann-Instituts für Geologie, Mineralogie und Paläontologie, das Institut für Zoologie und das Institut für Molekulare Physiologie und Entwicklungsbiologie ansässig.