Drei Räume im Hinterhaus sind in besonderer Weise gestaltet: Ein Diorama im Erdgeschoss lässt Beethovens Bonn lebendig werden, im Klangzimmer sind frühe Meisterwerke Beethovens zu hören, und im Dachgeschoss wurde das bisher als Geburtszimmer bezeichnete Elternschlafzimmer der Beethovens mit medialen Einblendungen auf einer Spiegelfläche als poetischer Ort inszeniert.

Ein Mediaguide in mehreren Sprachen sowie in einer Fassung für Kinder ist normalerweise im Eintrittspreis inbegriffen. Auch Versionen für Sehbehinderte, in Leichter Sprache sowie in Deutscher Gebärdensprache sind verfügbar. Der Mediaguide wurde vom Landschaftsverband Rheinland gefördert.

Weitere Museumsräume: ein Musikzimmer für regelmäßige Konzerte, eine Schatzkammer mit Originalmanuskripten sowie ein eigener Bereich für wechselnde Themenausstellungen. Der Shop mit Kassenbereich und Café ist auf der anderen Straßenseite eingerichtet. Im Geschoss darüber befindet sich ein Seminarraum für die Vermittlungsangebote des Beethoven-Hauses. Über Tablets kann man hier auch das Digitale Archiv des Beethoven-Hauses besuchen.

Die Neugestaltung des Museums Beethoven-Haus wurde von der Beauftragten der Bundesregierung für Kultur und Medien, vom Land Nordrhein-Westfalen und vom Landschaftsverband Rheinland gefördert. Durch Spenden von Privatpersonen und Unternehmen sind bisher weitere 790.000 Euro eingegangen. Das Beethoven-Haus ist weiterhin dankbar für Spenden für die Neugestaltung. Auf Anfrage wird eine Spenden-Broschüre mit allen wesentlichen Informationen zugeschickt.

Mit der Eröffnung des Kammermusiksaals zur 100-Jahrfeier 1989 konnte das Beethoven-Haus an seine alte kammermusikalische Tradition anknüpfen. Seit der Zerstörung der alten Beethovenhalle 1944 gab es in Bonn keinen für Kammermusik geeigneten Saal mehr. Durch jahrzehntelanges intensives Betreiben des langjährigen Vorsitzenden des Vereins Beethoven-Haus, Hermann J. Abs, und mit seiner erheblichen finanziellen Unterstützung gelang es, einen modernen, äußerst stimmungsvollen Neubau mit hervorragender Akustik zu errichten. Der Kammermusiksaal hat sich mit einem eigenen regelmäßigen Konzertprogramm, aber auch mit zahlreichen Konzerten anderer Veranstalter, zu einem herausragenden Forum für Kammermusik entwickelt.

Seit 2014 gibt es stets Ende Januar, Anfang Februar die Beethoven-Woche als Kammermusikfest. Die künstlerische Leitung hat Tabea Zimmermann, Präsidentin des Vereins Beethoven-Haus.