Die über 200jährige Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn ist eine international operierende, kooperations- und schwerpunktorientierte Forschungsuniversität mit einem breiten Angebot von derzeit rund 200 Bachelor- und Masterstudiengängen, teilweise berufsbegleitend. An den sieben Fakultäten der Volluniversität studieren mehr als 33.000 Menschen, von denen circa 4.400 aus dem Ausland kommen. Unter den rund 6.200 Promovierenden sind etwa 1.500 mit ausländischer Staatsbürgerschaft. Die Universität hat rund 7.000 Mitarbeitende, darunter 636 Professor*innen. Zusammen mit dem Universitätsklinikum Bonn mit mehr als 8.500 Beschäftigten gehört sie zu den größten Arbeitgebenden in der Region. Über 70 Partneruniversitäten weltweit repräsentieren die hervorragende internationale Vernetzung.

Seit 2019 ist die Universität mit ihren sechs Exzellenzclustern und dem erfolgreichen Gesamtkonzept Exzellenzuniversität. Dieser Status ermöglicht der Universität unter anderem, ihre internationale Stellung auszubauen und Wissenschaftler*innen besser anwerben zu können. Die Stadt Bonn unterstützt die Universität Bonn in ihren Vorhaben durch ein gemeinsames „Memorandum of Understandig“, das die Grundlage der Zusammenarbeit und deren Entwicklung regelt. Es findet ein regelmäßiger Austausch auf verschiedenen Ebenen statt. Die Wirtschaftsförderung kooperiert eng mit der Universität, zum Beispiel im Bereich der Karriereberatung, der Gründungs- und Innovationsförderung sowie der Wissenschaftskommunikation. Dazu arbeitet sie eng mit dem Transfer Center ena-Com, dem Career Service, dem Dezernat Internationales und verschiedenen Instituten der Universität zusammen. Durch die Kooperation von ena-Com mit dem Digital Hub Region Bonn werden die Gründungsaktivitäten zentral in der Bonner Innenstadt noch sichtbarer. Im Projekt Nachhaltigkeits-Hub Region Bonn ist die Universität Bonn eine wichtige Akteurin.

Die 1995 gegründete Hochschule hat rund 9.500 Studierende und etwa 1.100 Beschäftigte, darunter 150 Professor*innen. Sie bietet derzeit 39 Bachelor- und Masterstudiengänge in Sankt Augustin, Rheinbach und Hennef an. Über die Hälfte ihrer jährlich rund 1.300 Absolvent*innen verbleiben in der Region. Durch die Verleihung des eigenständigen Promotionsrechts an das Promotionskolleg NRW ist nun auch ein eigenständiges Promotionsverfahren an der H-BRS möglich. Das Zentrum für Wissenschafts- und Technologietransfer ZWT fördert die Kooperationen mit Unternehmen und Organisationen und berät zu Förderprogrammen sowie Verwertungsaspekten. Die Bonner Wirtschaftsförderung arbeitet eng mit dem ZWT und dem CENTIM (Centrum für Entrepreneurship, Innovation und Mittelstand) zusammen und unterstützt die Start-up-Manufaktur. Diese ist eine Initiative des Projektes SUPRA (Start-up Programm Rheinbach Sankt Augustin), das im Rahmen des EXIST-Programms durch das Bundesministerium für Wirtschaft und Energie gefördert wird. Die H-BRS bringt ihre Kompetenzen ebenfalls in den Nachhaltigkeits-Hub Region Bonn ein. 

Die Alanus Hochschule für Kunst und Gesellschaft ist eine staatlich anerkannte Kunsthochschule mit zwei Standorten (in Alfter und Mannheim) und Teil der Bonner Kunstszene. Die Hochschule, die im Jahr 2023 ihr 50-jähriges Bestehen feiert, zählt derzeit rund 2.000 Studierende und über 260 Beschäftigte (davon etwa 80 Professuren) und bietet 22 Voll- und Teilzeitstudiengänge. Vor allem im Fachbereich Wirtschaft werden die Kontakte zu hiesigen Unternehmen ausgebaut, unter anderem auch in dem gemeinsamen Projekt Nachhaltigkeits-Hub Region Bonn.

Der RheinAhrCampus Remagen ist einer von drei Standorten der Hochschule Koblenz. Die starke Praxisorientierung des Studiums und die Vermittlung fächerübergreifender Kenntnisse in den Bereichen „Mathematik und Technik“ sowie „Wirtschafts- und Sozialwissenschaften“ bereiten die circa 2.800 Studierenden in rund 20 Studiengängen auf den Arbeitsmarkt vor. Der Campus als regionales Innovations- und Dienstleistungszentrum ist in das regionale Gesundheitsnetzwerk und die Wissenschaftsregion eingebunden und bietet zudem zahlreiche berufsbegleitende Fernstudiengänge. Die Wirtschaftsförderung arbeitet eng in den Bereichen Transfer, regionale Entwicklung, Gründungsförderung und Fachkräftesicherung mit der Hochschule zusammen. 

Aus dem Forschungszentrum caesar wurde Anfang 2022 das Max-Planck-Institut für Neurobiologie des Verhaltens. Das bisher mit der Forschungsgemeinschaft assoziierte Institut ist damit nun vollwertiges Mitglied in der Max-Planck-Gesellschaft.

Veränderungen gab es auch für das Museum Koenig Bonn, das mit dem Centrum für Naturkunde der Universität Hamburg im Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels zusammengeführt wurde und die nun gemeinsam standortübergreifend am Biodiversitätswandel forschen.

Mit dem größten EU-Standort des Europäischen Zentrums für Mittelfristige Wettervorhersage (EZMW) bekommt der Wissenschaftsstandort Bonn hochkarätigen Zuwachs. Das EZMW ist weltweit wissenschaftlich führend auf dem Gebiet der Wettervorhersage und Klimatologie. Von Bonn führt es unter anderem seine Aufgaben im EU-Erdbeobachtungsprogramm „Copernicus“ durch.

Für außeruniversitäre Spitzenforschung im Bereich der Informations- und Kommunikationstechnik-Technologien stehen die sechs Fraunhofer-Institute mit Standorten in Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg und Euskirchen mit über 1.900 Mitarbeitenden und bilden eine Schnittstelle von Wissenschaft und Industrie. Mit der Universität Bonn, der RWTH Aachen und der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg ist das Fraunhofer-Institutszentrum Birlinghoven Teil des Bonn-Aachen International Center for Information Technology. Der Studiengang Cyber Security der Universität Bonn ist nur ein Beispiel für die engen Kooperationen zwischen den Fraunhofer-Instituten und den Hochschulen. Die Bonner Wirtschaftsförderung wirkt aktiv in Kuratorien von Fraunhofer FKIE und Fraunhofer SCAI mit.

Bonn ist sowohl Sitz der nationalen und internationalen Wissenschaftspolitik als auch der großen deutschen Wissenschaftsförder- und -mittlerorganisationen. Dazu gehören unter anderem das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) mit dem ersten Dienstsitz und die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz (GWK).