Auf dem Weg zu einem klimaneutralen Bonn gilt immer „Vermeidung vor Kompensation“, wenn es um den Ausstoß von Treibhausgasen geht. Zukünftig wird Energie zwar effizient genutzt und Emissionen werden eingespart. Trotzdem entstehen innerhalb des Stadtgebiets Treibhausgase, die sich nicht gänzlich vermeiden lassen, zum Beispiel im Verkehr oder der Industrie. Damit die Stadt 2035 tatsächlich klimaneutral ist, muss der Anteil dieser unvermeidbaren CO2-Austöße ausgeglichen bzw. kompensiert werden. Bei der Kompensation von Treibhausgasen wird klimaschädliches CO2 aus der Atmosphäre gebunden und dauerhaft gespeichert. Daraus entstehen sogenannte „negative Emissionen“ für die Treibhausgasbilanz.

Die unvermeidbaren Emissionen können entweder durch natürliche oder technische CO2-Bindung kompensiert werden. Im Bonner Stadtgebiet sind sieben Prozent landwirtschaftliche Flächen und 30 Prozent Wald- und Gehölzflächen. Für die natürliche Kompensation und die langfristige Speicherung von CO2 in den Böden führt die Stadtverwaltung eine Potenzialstudie durch. 

Die technische Kompensation unvermeidbarer Emissionen wird international als Carbon Capture and Storage (CCS) bezeichnet. Bei der Abscheidung und Speicherung von Kohlendioxid wird das Gas durch industrielle Prozesse abgetrennt, verflüssigt und eingelagert. Diese Technologie ist allerdings sehr kostspielig und wird laut IPCC-Bericht – dem Sachstandsbericht des Intergovernmental Panel on Climate Change – bis 2030 einen sehr geringen Teil der globalen Treibhausgasreduzierung ausmachen können. Die Vermeidung von Treibhausgasen gegenüber der technischen Kompensation hat deshalb auch für das Bonner Stadtgebiet stets Priorität.