Die 200jährige Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn ist eine international operierende, kooperations- und schwerpunktorientierte Forschungsuniversität mit einem breiten Angebot von derzeit rund 200 Bachelor- und Masterstudiengängen, teilweise berufsbegleitend. An den sieben Fakultäten der Volluniversität studieren mehr als 35 000 Menschen, von denen circa 4 400 aus dem Ausland kommen. Unter den rund 7 000 Promovierenden sind etwa 2 000 mit ausländischer Staatsbürgerschaft. Die Universität hat rund 6 000 Mitarbeitende, darunter 561 Professor*innen. Zusammen mit dem Universitätsklinikum Bonn mit mehr als 8 000 Beschäftigten gehört sie zu den größten Arbeitgebenden in der Region. Über 70 Partneruniversitäten weltweit repräsentieren die hervorragende internationale Vernetzung.

Seit 2019 ist die Universität mit ihren sechs Exzellenzclustern und dem erfolgreichen Gesamtkonzept Exzellenzuniversität. Dieser Status ermöglicht der Universität unter anderem, ihre internationale Stellung auszubauen und Wissenschaftler*innen besser anwerben zu können. Die Stadt Bonn unterstützt die Universität Bonn in ihren Vorhaben durch ein gemeinsames „Memorandum of Understandig“, das die Grundlage der Zusammenarbeit und deren Entwicklung regelt. Die Wirtschaftsförderung kooperiert eng mit der Universität, zum Beispiel im Bereich der Karriereberatung, der Gründungs- und Innovationsförderung sowie der Wissenschaftskommunikation. Dazu arbeitet sie auch mit dem Transfer Center enaCom der Universität zusammen. Durch die Kooperation von enaCOM mit dem Digital Hub Region Bonn werden die Gründungsaktivitäten zentral in der Bonner Innenstadt noch sichtbarer.

Die 1995 gegründete Hochschule hat rund 9 500 Studierende und etwa 1 000 Beschäftigte, darunter 150 Professor*innen. Sie bietet derzeit 39 Bachelor- und Masterstudiengänge in Sankt Augustin, Rheinbach und Hennef an. Über die Hälfte ihrer jährlich rund 1 200 Absolvent*innen bleiben in der Region. Das Zentrum für Wissenschafts- und Technologietransfer ZWT fördert die Kooperationen mit Unternehmen und Organisationen und berät zu Förderprogrammen sowie Verwertungsaspekten. Die Bonner Wirtschaftsförderung arbeitet eng mit dem ZWT und dem CENTIM (Centrum für Entrepreneurship, Innovation und Mittelstand) zusammen und unterstützt die Start-up-Manufaktur. Diese ist eine Initiative des Projektes SUPRA (Start-up Programm Rheinbach Sankt Augustin), das im Rahmen des EXIST-Programms durch das Bundesministerium für Wirtschaft und Energie gefördert wird. Durch das Projekt Campus to World der Bund-Länder-Förderinitiative „Innovative Hochschule“ werden die Aktivitäten im Bereich Wissenstransfer ausgebaut, um die Hochschule mit Wirtschaft und Gesellschaft in der Region zu vernetzen.

Die Alanus Hochschule für Kunst und Gesellschaft ist eine staatlich anerkannte Kunsthochschule mit zwei Standorten (in Alfter und Mannheim) und Teil der Bonner Kunstszene. Die Hochschule zählt derzeit rund 2 000 Studierende und 243 Beschäftigte (davon 53 Professuren) und bietet 22 Voll- und Teilzeitstudiengänge. Im Fachbereich Wirtschaft werden die Kontakte zu hiesigen Unternehmen ausgebaut.

Der RheinAhrCampus Remagen ist einer von drei Standorten der Hochschule Koblenz. Die starke Praxisorientierung des Studiums und die Vermittlung fächerübergreifender Kenntnisse in den Bereichen „Mathematik und Technik“ sowie „Wirtschafts- und Sozialwissenschaften“ bereiten die circa 2 900 Studierenden in rund 20 Studiengängen auf den Arbeitsmarkt vor. Die engen Kontakte in die Wirtschaft werden durch das Transferbüro des RheinAhrCampus unterstützt, mit dem die Bonner Wirtschaftsförderung in Veranstaltungen zusammenarbeitet. Der Campus als regionales Innovations- und Dienstleistungszentrum ist in das regionale Gesundheitsnetzwerk und die Wissenschaftsregion eingebunden und bietet zudem zahlreiche berufsbegleitende Fernstudiengänge.

Aus dem Forschungszentrum caesar wurde Anfang 2022 das Max-Planck-Institut für Neurobiologie des Verhalten. Das bisher mit der Forschungsgemeinschaft assoziierte Institut ist damit nun vollwertiges Mitglied in der Max-Planck-Gesellschaft.

Veränderungen gab es auch für das Zoologische Forschungsmuseum Alexander Koenig, das mit dem Centrum für Naturkunde der Universität Hamburg im Leibniz-Institut zur Analyse des Biodiversitätswandels zusammengeführt wurde und die nun gemeinsam standortübergreifend am Biodiversitätswandel forschen.

Mit dem europäischen Standort des Europäischen Zentrums für Mittelfristige Wettervorhersage (EZMW) bekommt der Wissenschaftsstandort Bonn hochkarätigen Zuwachs. Das EZMW ist wissenschaftlich weltweit führend auf dem Gebiet der Wettervorhersage und Klimatologie. Von Bonn führt es unter anderem seine Aufgaben im EU-Erdbeobachtungsprogramm „Copernicus“ durch. 

Für außeruniversitäre Spitzenforschung im Bereich der IuK-Technologien stehen die sechs Fraunhofer-Institute mit Standorten in Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg und Euskirchen mit über 1 700 Mitarbeitenden und bilden eine Schnittstelle von Wissenschaft und Industrie. Mit der Universität Bonn, der RWTH Aachen und der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg ist das Fraunhofer-Institutszentrum Birlinghoven Teil des Bonn-Aachen International Center for Information Technology. Der Studiengang Cyber Security der Universität Bonn ist nur ein Beispiel für die engen Kooperationen zwischen den Fraunhofer-Instituten und den Hochschulen Die Bonner Wirtschaftsförderung wirkt aktiv in Kuratorien von Fraunhofer FKIE und Fraunhofer SCAI mit.