Die 200jährige Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn ist eine international operierende, kooperations- und schwerpunktorientierte Forschungsuniversität mit einem breiten Angebot von derzeit rund 200 Studiengängen. Als Volluniversität mit sieben Fakultäten bietet sie für mehr als 38.000, davon circa 5.000 internationale, Studierende Bachelor- und  Masterstudiengänge an, teilweise berufsbegleitend. Die Universität hat rund 6.400 Mitarbeitende, darunter 555 Professorinnen und Professoren. Zusammen mit dem Universitätsklinikum Bonn, das rund 5.000 Mitarbeitende hat, gehört sie zu den größten Arbeitgebern in der Region. 80 Partneruniversitäten weltweit repräsentieren die hervorragende internationale Vernetzung. 

Seit 2019 ist die Universität mit ihren sechs Exzellenzclustern und dem erfolgreichen Gesamtkonzept Exzellenzuniversität. Dieser Status ermöglicht der Universität unter anderen, ihre internationale Stellung auszubauen und Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler besser anwerben zu können. Die Stadt Bonn unterstützt die Universität Bonn in ihren Vorhaben durch ein gemeinsames Memorandum of Understandig, das die Grundlage der Zusammenarbeit und deren Entwicklung regelt. Die Wirtschaftsförderung kooperiert eng mit der Universität, unter anderem im Bereich der Karriereberatung, der Gründungs- und Innovationsförderung und der Nachhaltigkeitsforschung

Die 1995 gegründete Hochschule hat rund 9.000 Studierende und etwa 1.000 Beschäftigte, darunter 150 Professorinnen und Professoren. Sie bietet derzeit 36 Bachelor- und Masterstudiengänge in Sankt Augustin, Rheinbach und Hennef an. Über die Hälfte ihrer jährlich rund 1.100 Absolventen bleiben in der Region. Das Zentrum für Wissenschafts- und Technologietransfer ZWT fördert die Kooperationen mit Unternehmen  und Organisationen und berät zu  Förderprogrammen sowie  Verwertungsaspekten. Die Bonner Wirtschaftsförderung arbeitet eng mit dem ZWT und dem CENTIM (Centrum für Entrepreneurship, Innovation und Mittelstand) zusammen. Durch das Projekt Campus to World der Bund-Länder-Förderinitiative „Innovative Hochschule“ werden die Aktivitäten im  Wissenstransfer ausgebaut, um die Hochschule mit Wirtschaft und Gesellschaft in der Region zu vernetzen.

Die Alanus Hochschule für Kunst und Gesellschaft ist eine staatlich anerkannte Kunsthochschule in Alfter und Teil der Bonner Kunstszene. Die Hochschule zählt derzeit rund 1.500 Studierende und  200 Beschäftigte und bietet 27 Voll- und Teilzeitstudiengänge. Im Fachbereich Wirtschaft werden die Kontakte zu hiesigen Unternehmen ausgebaut.

Der RheinAhrCampus Remagen ist einer von drei Standorten der Hochschule Koblenz. Die starke Praxisorientierung des Studiums und die Vermittlung fächerübergreifender Kenntnisse in den Bereichen „Mathematik und Technik“ sowie „Wirtschafts- und Sozialwissenschaften“ bereiten die circa 3.000 Studierenden in rund 20 Studiengängen auf den Arbeitsmarkt vor. Der Campus als regionales Innovations- und Dienstleistungszentrum ist in das regionale Gesundheitsnetzwerk und die Wissenschaftsregion eingebunden. 

Sechs Fraunhofer-Institute mit Standorten in Bonn, Sankt Augustin, Wachtberg und Euskirchen mit rund 1.200 Mitarbeitenden stehen für außeruniversitäre Spitzenforschung im Bereich der IuK-Technologien und bilden eine Schnittstelle von Wissenschaft und Industrie. Sie kooperieren  mit ansässigen Institutionen und arbeiten unter anderem in der Sicherheitsforschung, Sensorik, Datenanalyse und Optimierung. Mit der Universität Bonn, der RWTH Aachen und der Hochschule Bonn-Rhein-Sieg ist das Fraunhofer-Institutszentrum Birlinghoven Teil des Bonn-Aachen International Center for Information Technology. Der neue Studiengang Cyber Security der Universität Bonn ist in enger Kooperation mit dem Fraunhofer-Institut FKIE entstanden. Die Wirtschaftsförderung stärkt die Zusammenarbeit zwischen den Instituten durch die aktive Mitarbeit in Kuratorien von FKIE und dem Fraunhofer-Institut SCAI.

Bonn ist sowohl Sitz der nationalen und internationalen Wissenschaftspolitik als auch der großen deutschen Wissenschaftsförder- und -mittlerorganisationen. Dazu gehören unter anderem das Bundesministerium für Bildung und Forschung (BMBF) mit dem ersten Dienstsitz und  die Gemeinsame Wissenschaftskonferenz (GWK).