L'Accordo sulla conservazione dei piccoli cetacei del Mar Baltico e del Mare del Nord (ASCOBANS) è stato concluso nel 1991 sotto gli auspici della CMS. Dal gennaio 2007, il segretariato della convenzione madre ASCOBANS, il CMS (Segretariato della Convenzione sulla conservazione delle specie migratorie della fauna selvatica), funge da segretariato dell'accordo.

Il segretariato congiunto, gestito dal Programma delle Nazioni Unite per l'Ambiente (UNEP), ha sede a Bonn. Svolge i necessari compiti amministrativi, raccoglie e diffonde le informazioni relative all'attuazione dell'Accordo, prepara e organizza le riunioni degli organi decisionali e consultivi dell'Accordo. Il Segretariato svolge anche attività di sensibilizzazione del pubblico sui pericoli a cui sono esposti i piccoli cetacei.